A püspöki hivatal iktató- és mutatókönyvei, tehát az egyházkormányzati iratok nyilvántartására szolgáló segédletek csak a 19. század elejétől állnak rendelkezésre. Ugyanis a levéltárnak modern értelemben vett rendezése csak 1782-ben vette kezdetét, amikor Zerdahelyi Gábor suffraganeus püspök és általános helynök kiadott egy „Ratio seu norma redigendi debitem in ordinem et locum Archivi Episcopalis Vaciensis praescripta” című utasítást (a dokumentumot lásd a Regula cancellariae gyűjtemény 1755-1855. évi fasciculusában). Ebben elrendelte a kiadványoknak jegyzőkönyvekbe (Protocolla litterarum), mint hiteles okmányokba való bevezetését. Ezek és a Protocolla actorum consistorialium mellett más protocollumok bevezetését is elrendelte. (Lásd a Vegyes jegyzőkönvek c. leírást).
Megállapította az ügyiratok címeit (tituli), és hogy azok ugyanolyan című fasciculusokba foglalandók össze. Azt is részletesen meghatározza, hogy az egyes titulusok alá milyen fajta iratok sorolandók, valamint meghatározza az egyes fasciculusok nagyságát, illetve hogy mit tartalmazzon a hátirat, azaz un. Indorsatio. Ennek részei: 1. rövid tárgyi kivonat, év és nap megjelölésével, 2. mely titulushoz, melyik fascículushoz és annak melyik számához tartozik. Mindezt a helyes kezelés érdekében, vagyis hogy az irat bármikor könnyen reponálható legyen saját helyére. Elrendeli, hogy a fasciculusok első oldalán az iratok számszerűen legyenek feltüntetve, hogy már kívülről látni lehessen a keresett irat helyét. A lajstromozásnál és a levéltár rendezésénél szigorú évrend követendő. A rendezést a legrégibb iratoknál kell kezdeni. Gondoskodni kell egy, a megállapított címek szerint beosztott könyvről, amelybe az iratok saját címeik alá beírandók a fasciculus megjelölésével. Elrendeli egy iratkölcsönző könyv bevezetését is.
Ugyanezt a rendszert tartja bevezetendőnek a szentszéki peres iratok kezelésénél is. Mintát közöl mind az Elenchus berendezésére és rubrikálására, mind pedig a fasciculusok külső feliratának szövegére és kiállítására nézve.
Ehhez a részletesen ismertetett szabályzathoz illeszkedik egy 1780-ban kiadott „Regulae cancellariae Episcopalis Vaciensis” című füzet, amely a püspöki iroda és a püspöki levéltár ügyrendjét tartalmazza. A levéltár azonban ekkor még rendezés alatt állott, mint ahogy a különböző iroda- és levéltár-átadások alkalmával kiállított, a levéltár állapotát és tartalmát feltüntető átadási jegyzőkönyvek leírják. Különösen egy 1783. évi részletes átadási okmány érdemel figyelmet, amely hiányolja a registrum-ot, amelybe szükséges lenne feljegyezni az iratok lajstromát, ahogy jelenleg fekszenek. Ennek hiányát még egy 1793. évi átadási jegyzőkönyv is megemlíti. A rendezés során az újabb és a folyó anyaghoz a címeknek megfelelően beosztották az egész anyagot, az elejétől fogva.
Ezt követően 1807-1808-ban jelenik meg az első központi iktatókönyv (Protocollum exhibitorum) a következő beosztással: 1. Hónap évszámmal; 2. A beadvány vagy kiadvány sorszáma (numerus exhibiti); 3. tárgyi kivonat (extractus); 4. fölötte vagy alatta a beadvány vagy kiadvány kelte; 5. az ügy elintézése (in sequelam acta).
1816-ban új rubrikával bővül az iktatási sor (6. locus regestrationis) annak jeléül, hogy a titulus rávezetése, vagyis a tárgymegjelölés már az iktatásnál is rendszeres. Ezek a tárgymegjelölések titulusok (azonosak az un. kútfőkkel) a későbbi időszakban mindinkább differenciálódnak. Az 1822-1829. évi kötetben, a kötet végén három új mutatót vezettek be, de minden ív számára külön-külön: 1. Index nominum, 2. Index locorum, valamint 3. Index miscellaneorum (ritkábban előforduló tárgyak mutatója) címekkel. Az indexek mellett levő számok a megfelelő évek iktatószámait jelentik, ez a rendszer azonban sem az 1830-1838-as, sem pedig az 1838-1851-es kötetekben nem található meg. Az 1851. évből pedig sajnos csak 4 ívnyi töredék van meg.
1852-től a fejcím és a beosztás megváltozik. A bal lapoldalon levő rovatok az ügyiratok iktatására szolgálnak a következő adatokkal:
- Numerus currens,
- Mensis et dies,
- Argumentum exhibiti (tárgyi kivonat).
A lapoldalak jobb oldalán vannak az elintézésre vonatkozó adatok: Numerus currens, mensis et dies, Argumentum exhibiti és Locus registrationis. Az utóbbi tehát annak a titulusnak, vagyis tárgyi csoportnak a megjelölésére szolgál, amelybe az irat beosztást nyert. A numerus currens természetesen mindkét esetben azonos. A kötet végén egy betűrendes tárgymutató van, melyben az egyes tárgyak neve alatt az ügyiratok rövid megjelölését és a vonatkozó iktatószámot is megtalálhatjuk.
Az 1863-1864.es kötettől kezdve megszűnik a tárgymutató. 1901-től kezdve csak a bal lapoldalt használják a következő címekkel: folyószám, dátum, tárgyi kivonat, melyet magába a szövegbe illesztve megelőzi a tárgymegjelölés /titulus/. Így a locus registrationis és az elintézés szövege eltűnik.
Az 1931-től bevezetett új iktatási rend szerint mindkét oldal egyforma a következő beosztással:
- Numerus currens, mensis et dies,
- Locus registrationis,
- Argumentum.
1939-ben a Locus registrationis-t a sor végére tették.
1879-től a fedőlapon levő felirat a következő: „Protocollum secundum numerus anni …”
Az Index actorum sorozat az iktatókönyvekhez tartozó mutatókönyveket tartalmazza. 1857-től vannak meg. 1862-ig bezárólag az indexeket az iktatókönyvekbe is bevezették, különálló indexek valószínűleg fogalmazványok gyanánt szolgáltak. 1863-tól az iktatókönyvekben nincs index.
1889-ig az indexkötetek változó címeket viseltek, úgymint: 1857: Repertorium actorum; 1858: Elenchus actorum; 1859: Index actorum; 1868: Protocollum actorum juxta materias; 1869: Protocollum; l876: Protocollum actorum; 1877: Protocollum juxta materias; 1889-től végig: Protocollum secundum materias diversas pro usu cancellariae Episcopalis Dioecesis Vaciensis vel Cancellariae Episcopalis.
1888-ban a használatot egyszerűen betűrendes. ún. „füles” mutató. 1889-től pedig olyan füles mutatok mozdítják elő, melyekre a vezérszó betűrendje szerint csoportosított tárgymegjelölés van rávezetve. A tárgymegjelölések alatt levő részlet adatok mellett található számok az iktatószámok.
